Przybycie Europejczyków do Ameryki Południowej zapoczątkuje kilkuwiekowy proces ujarzmiania i niszczenia miejscowych kultur, społeczności, rodzin i wreszcie jednostek. Niezaprzeczalnym faktem jest, że największym niszczycielem dla Indian okazały się same zachodnie choroby, obce ich układom immunologicznym. Kilkukrotne uderzenie epidemii na przestrzeni od kilkunastu do kilkudziesięciu lat mogło zmniejszyć populacje danej społeczności nawet o 95%. Liczby te stały się dla wielu przyczynkiem do częściowej rehabilitacji konkwisty oraz do sformułowania tezy o „czarnej legendzie podboju Ameryki Południowej”.
Tymczasem rehabilitowane konkwisty, hiszpańska i portugalska, obfitowały w liczne gwałty, morderstwa, grabieże i niewolenie. W przypadku poczynań Korony portugalskiej, która zsyłała do Nowego Świata wielu skazańców, odsetek przypadków śmiertelnych w wyniku działań zbrojnych był nawet wyższy. Trzeci gubernator Brazylii Mem de Sá (1557-1572) zniszczył 300 wiosek wokół Salwadoru, pierwszej stolicy Brazylii. Równocześnie aż po XVIII wiek trwały niezliczone wyprawy w głąb interioru zawiązywane przez chorągwie bandeirantes, które zapuszczały się aż po Tocantis niszcząc, paląc, mordując i unosząc setki i tysiące niewolników indiańskich. Nie brakowało również innych śmiałków dla, których perspektywa znalezienia złota, szmaragdów i innych bogactw stanowiła afrodyzjak wystarczający aby zawiązywać podobne przedsięwzięcia. Niejednokrotnie wykorzystywano animozje międzyplemienne dla zjednania sobie jednych przeciw drugich i odwrotnie. Powstanie państw narodowych w XIX wieku nie poprawiło sytuacji suwerennych plemion żyjących poza auspicjami nowych kolonizatorów.
Kolejna fala przemocy spadnie na Amazonie u końca XIX i początkach XX wieku. Wówczas to kauczuk zyska sobie międzynarodową sławę stając się nieodzownym składnikiem wielu ówczesnych przedmiotów użytkowych. Dziesiątki tysięcy ludzi wyruszy w głąb dżungli aby pozyskiwać upragnioną substancję z drzewa Hevea Brasilensis, samymi wkrótce stając się jej ofiarami. To dzięki tym nowym gorączkom pragnienia wybiją się miasta takie jak Iquitos, Manaus czy Belem. To również ten masowy najazd legnie u fundamentów rzezi jaka uderzy w rozliczne plemiona. Całe wioski i plemiona będą ścierane z powierzchni ziemi w najlepszym razie mogąc liczyć na przymusową pracę i wątpliwe traktowanie. W 1912 roku ujawniono metody stosowane przez peruwiańsko-amerykańską firmę „Rubber Company” w obrębie rzeki Putumayo. Komisja powołana do zbadania rozmiarów zbrodni wykazała eksterminację około 40 tysięcy Indian Witoto. Wiele współcześnie żyjących grup Indian izolowanych swój obecny kształt i ucieczkę w głąb puszczy bierze właśnie z okresu rzezi i polowań na niewolników w okresie boomu kauczukowego..