Khoikhoi obok Buszmenów należą najprawdopodobniej do najstarszych antropologicznie grup ludzkości. Ich język posiadający charakterystyczne „mlaskane sylaby” budził konsternacje pierwszych podróżników, spotykających KhoiKhoi na wybrzeżach południowej Afryki. Vasco da Gama, który zetknął się z przedstawicielami Khoikhoi podczas podróży do Indii w 1497 roku tak oto opisał napotkanych krajowców: „mały wzrost, brzydka twarz, kiedy mówią wydaje się, że mają czkawkę”. Wtóruje mu niemal sto lat później Cornelis de Houtman „mówią niezręcznie jak gdyby mówili niemiecką gwarą”. Jeszcze bardziej tendencyjne świadectwo spotkania z Khoikhoi pozostawia w 1616 r. Edward Terry: „Ich mowa brzmi dla nas jak niewyraźny szum, a nie język, jak gdakanie kur albo indyków”. Sceptyczny co do poziomu wiedzy i rozwoju Khoikhoi pozostaje również Jean-Baptiste Tavernier w 1649 roku: „nie mają wiedzy o złocie i srebrze, wydaje się, że nie wiedzą nic o religii”. Tavernier myli się zwłaszcza w ostatnim przypuszczeniu. Podobnie jak zdecydowana większość ludów zamieszkujących naszą planetę Khoikhoi mieli rozbudowany system wierzeń, obrządków i zachowań duchowo-religijnych. Pierwotnie ważne miejsce w ich systemie religijnym zajmował księżyc. Ważnymi postaciami w kosmogonii Khoikhoi jest Tsoi Goab – stwórca świata oraz mityczni bohaterowie.
W 1652 roku do brzegów Przylądka Dobrej Nadziei zakotwiczają Holendrzy pod dowództwem van Riebeecka. Zaskoczeni niezwykłą dlań mową ludu Khoikhoi nazywają ich jąkałami (stotteraar). Jedna z genez zakłada, że właśnie od tego zwrotu pochodzi brzmiąca pejoratywnie nazwa Hotentotów (Hottentoten) przypisana Khoikhoi przez Europejczyków. Choć dziś określenie uchodzi za obraźliwe nadal jest używane w oficjalnej nomenklaturze. Już rok po przypłynięciu Holendrów do brzegów Południowej Afryki, Khoikhoi musieli stawić zbrojny opór ekspansjonistycznym osadnikom europejskim. Ich starania w zetknięciu z uzbrojonymi w proch najeźdźcami ostatecznie jednak zawsze były skazane na niepowodzenie. Khoikhoi musieli porzucać swoje pastwiska i ustępować miejsca respektującym prawo siły kolonistom wspieranych przez Holenderską Kompanię Wschodnioindyjską. Więzy plemienne były rozbijane a rdzenne społeczności dziesiątkowane przez nieznane zachodnie choroby na które nie mieli naturalnej odporności immunologicznej. Najbardziej śmiertelne żniwo zebrała epidemia czarnej ospy w 1713 roku, która zdziesiątkowała liczne grupy Khoikhoi.