Gdy kontrola dopingowa wykazała w organizmie Diego niedozwolone substancje, dla FIFA miarka się przebrała. 1 lipca 1994 r. ukarano Maradone 15-miesięczną dyskwalifikacją. Choć do końca nie ustalono, czy Diego wziął środki dopingujące świadomie, czy też były one składnikami podanych mu przez osobistego lekarza leków, ale bez zamiaru stosowania niedozwolonego wspomagania.
Maradona tak interpretował to zdarzenie: „ Nie, to nie żadne szkodliwe środki przerwały moją grę. Popełniłem błąd i przyznaję się do tego. Rzecz jednak w tym, że w futbolu jest wielu potężnych ludzi. Usiłowali mnie zniszczyć, zabić ale to im się nie uda. Próbują mnie zniszczyć, bo jestem jednym z tych niewielu graczy, którzy mówią rzeczy, jakich oni nie lubią”. Zaproszony do Oksfordu, gdzie przyznano mu tytuł „Mistrzowskiego Inspiratora Oksfordzkich Snów”, w przemówieniu powiedział: - Kiedy byłem małym chłopcem, futbol sprawiał mi mnóstwo radości, nigdy jednak nie mogłem pojąć, jak ludzi, którzy dają te radość innym, można uważać za płytkich czy ograniczonych. Moim przeznaczeniem było pozwalać ludziom się cieszyć... Zawsze interesowały mnie tylko gra i wrzawa na trybunach. Ten nie dający się zdefiniować stan ducha. Wielki biznes nigdy mnie nie interesował, ale skoro stanowi część futbolu, nie mogłem całkowicie się od niego odgrodzić.

10 listopada 2001 - pożegnalny mecz

Ostatnie informacje o Diego to historie ciągłych zmagań lekarzy z jego organizmem.

W 2004 r. Maradona ma atak serca, z którego z trudem udaje mu się wyjść. Na kurację jedzie do swojego przyjaciela, Fidela Castro, na Kubę. Początek 2007 roku to kolejne pogorszenie się stanu niesamowicie nadwyrężonego już organizmu – lekarze stwierdzają u Diego chorobę alkoholową i związaną z nałogiem ostrą odmianę żółtaczki. Zostaje wysłany do kliniki psychiatrycznej Avril Clinic w Buenos Aires. Wychodzi z niej w maju, ale musi do niej przychodzić trzy razy w tygodniu. Po wyjściu zaproszono go do jednego z niedzielnych programów rozrywkowych, gdzie przysięgał, że będzie już starał się dbać o swoje zdrowie i dobrze się prowadzić. Powiedział, że jego marzeniem jest zostać w przyszłości trenerem reprezentacji narodowej Argentyny.