W pisemnych motywach wyroku Sąd - opisując w oparciu o przepisy ustawy o podatku od towarów i usług prawnopodatkowy status rolnika ryczałtowego - wskazał, że jeżeli podmiot zarejestrowany jako podatnik VAT czynny nabywa produkty rolne od rolnika ryczałtowego, to zgodnie z brzmieniem art. 116 ust. 1 u.p.t.u. zobowiązany jest do zastosowania się do wskazanego w tym przepisie sposobu postępowania, a obowiązek wystawienia faktur jak i zapłaty wynikających z nich należności nie jest pozostawiony jego swobodnemu uznaniu. Na przykład okoliczność, że podatnik VAT nie będzie ubiegał się o możliwość zwiększenia podatku naliczonego z tytułu nabycia produktów rolnych od rolnika ryczałtowego, nie stanowi sama w sobie okoliczności zwalniającej go zarówno od obowiązku wypłacenia rolnikowi ryczałtowemu kwoty zryczałtowanego zwrotu podatku, jak i wystawienia faktur dokumentujących to nabycie. Sąd zaznaczył, że przepisy ustawy podatkowej regulują zarówno obowiązek spełnienia wymogów ustanowionych aktem prawa, jak i konsekwencje ich niedopełnienia.
3.2. Sąd wskazał, że art. 116 ust. 6 u.p.t.u. (w brzmieniu obowiązującym przed 5 sierpnia 2008 r.) normuje warunki, od których spełnienia uzależnione jest skorzystanie przez nabywcę produktów rolnych z uprawnienia do zwiększenia podatku naliczonego. Z treści tego przepisu wynika, że zryczałtowany zwrot podatku zwiększa u nabywcy produktów rolnych kwotę podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2 ustawy, w rozliczeniu za miesiąc, w którym dokonano zapłaty, pod warunkiem że:
1) nabycie produktów rolnych jest związane z dostawą opodatkowaną;

2) zapłata należności za produkty rolne, obejmująca również kwotę zryczałtowanego zwrotu podatku, nastąpiła na rachunek bankowy rolnika ryczałtowego nie później niż 14. dnia, licząc od dnia zakupu, z wyjątkiem przypadku, gdy rolnik zawarł umowę z podmiotem nabywającym produkty rolne określającą dłuższy termin płatności;

3) w dokumencie stwierdzającym dokonanie zapłaty, o której mowa w pkt 2, zostaną podane numer i data wystawienia faktury potwierdzającej nabycie produktów rolnych.
Sąd pierwszej instancji w rozpoznawanej sprawie przyjął za dokumenty, o których mowa w pkt 3 omawianego przepisu, uznać można wyłącznie polecenia przelewu sporządzane przez skarżącego oraz potwierdzające wykonanie zleconej przez niego operacji dokumenty bankowe. W dokumentach tych skarżący nie zamieścił dat wystawienia przedmiotowych faktur. Nie został zatem dotrzymany jeden z warunków wskazanych w art. 116. ust. 6 u.p.t.u., których jedynie łączne spełnienie - zdaniem Sądu - umożliwia podatnikowi nabywającemu produkty rolne od rolnika zryczałtowanego skorzystanie z określonego w tym przepisie uprawnienia.