Należy wskazać, że największym mankamentem projektowanych rozwiązań jest zapis, zgodnie z którym sprowadzać towarów w procedurze magazynu konsygnacyjnego nie będą mogli podatnicy z siedzibą/miejscem zamieszkania poza granicami RP, zarejestrowani dla potrzeb podatku VAT w Polsce. Oznacza to, że podmioty z UE, które już rozpoczęły działalność w Polsce przed wprowadzeniem nowej regulacji i na podstawie dziś obowiązujących przepisów musiały się zarejestrować dla potrzeb podatku VAT w Polsce - będą w praktyce automatycznie wyłączone z nowych regulacji.
W świetle projektu zmian do ustawy pobranie towarów z magazynu konsygnacyjnego musi nastąpić w ciągu 6 miesięcy od dnia ich wprowadzenia. Jeżeli jednak przepisy państwa wywozu będą przewidywały krótszy termin składowania towarów w magazynie konsygnacyjnym, to dostawa będzie musiała nastąpić z zachowaniem tego terminu. Mając na uwadze powyższe, należy podkreślić, iż w przypadku przemieszczania własnych towarów pomiędzy państwami członkowskimi w oparciu o instytucję magazynu konsygnacyjnego dojdzie do "odłożenia w czasie" momentu powstania obowiązku podatkowego.
Zamiarem ustawodawcy było skorelowanie ze sobą obowiązku podatkowego, jaki powstaje z tytułu wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów oraz wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów. W przypadku przedsiębiorcy polskiego, który będzie przemieszczał własne towary na terytorium państwa członkowskiego do magazynu konsygnacyjnego, obowiązek podatkowy z tytułu wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów powstanie w tym samym momencie, w którym po stronie odbiorcy powstanie obowiązek z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów. Natomiast jeżeli polski przedsiębiorca jest odbiorcą towarów, to obowiązek podatkowy z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów powstanie w momencie ich dostawy.
Należy podkreślić, iż towary przemieszczane przez zagranicznego przedsiębiorcę do magazynów konsygnacyjnych na terytorium RP muszą zostać do nich wprowadzone z zamiarem ich dostawy określonemu podmiotowi. Mechanizmem zabezpieczającym spełnienie przesłanki zamiaru dostarczenia towaru oznaczonemu kontrahentowi jest obowiązek składania oświadczenia przez odbiorcę towaru, o czym była już mowa.
W związku z powyższym omawiana instytucja nie sprawdzi się w przypadku zagranicznych przedsiębiorców, którzy chcieliby przemieszczać własne towary na terytorium RP, nie mając zamiaru sprzedawać ich w kraju składowania. Magazyn konsygnacyjny nie znajdzie zastosowania także jako centrum dystrybucji, z którego towary mogłoby pobierać wielu kontrahentów.