Do kryzysu w relacjach PiS - Samoobrona doszło kilka miesięcy później w czasie prac nad budżetem na 2007 r. 22 września w atmosferze wzajemnych zarzutów między politykami koalicji, na wniosek premiera Jarosława Kaczyńskiego, prezydent Lech Kaczyński odwołał Leppera z funkcji w rządzie.
Niedługo potem rozpoczęły się rozmowy o powrocie Samoobrony do koalicji - Lepper powrócił do rządu w październiku, powtórnie zostając wicepremierem i szefem resortu rolnictwa.
9 lipca 2007 r. prezydent odwołał Leppera z funkcji wicepremiera i ministra rolnictwa.
W 2004 r. otrzymał tytuł doktora honoris causa Międzynarodowej Akademii Kadr w Kijowie - za osiągnięcia w zbliżaniu narodów polskiego i ukraińskiego. W 2007 roku został honorowym profesorem Międzynarodowej Akademii Kadr w Kijowie.
Lepper opublikował kilka książek, m.in. : "Każdy kij ma dwa końce" (2001r.), "Lista Leppera" (2002 r.), "Czas barbarzyńców (2005 r.). Wystąpił w dwóch filmach: w komedii Jerzego Gruzy, "Gulczas, a jak myślisz?" oraz w filmie Mariana Eherta "Kto rządzi w Auschwitz". W obu wcielił się w rolę samego siebie.
W 1995 otrzymał Medal Nadziei im. Papieża Jana Pawła II, a następnie Order Świętej Brygidy (przewodniczącym jego Kapituły jest ks. Henryk Jankowski). W 2003 został mu przyznany tytuł "Człowieka Roku" pisma akademickiego "Forum Psychologiczne". W 2001 został w Nowym Jorku odznaczony przez Roberta Kennedy'ego Jr. Medalem im. Alberta Schweitzera przyznanym przez Instytut na rzecz Dobra Zwierząt
Był żonaty, osierocił syna i dwie córki.